El cardenal Joao Braz ha confesado que durante más de 63 años El Vaticano escondió los abusos sexuales cometidos por el fundador de los Legionarios de Cristo, el ya fallecido Marcial Maciel. Afirmó que los archivos los mantuvo oculto «una mafia».
Dos años antes de fallecer Maciel en 2008, el Papa emérito Benedicto XVI lo castigó después de que se llevara a cabo una investigación que concluyó en que el fundador de los Legionarios abusó sexualmente durante años de seminaristas y sacerdotes de la propia orden. La pena impuesta fue la renuncia a «todo ministerio público» y a que llevara «una vida discreta de penitencia» en México. Jamás fue sometido a proceso canónico de castigo por su avanzada edad y su salud frágil.
En numerosas ocasiones la iglesia prefirió mirar hacia otro lado ante los actos delictivos de Maciel y a las denuncias de víctimas y de mujeres a las que dejó embarazadas. El Vaticano lo investigó y lo suspendió como superior general y expulsó de Roma, pero jamás se resolvió ningún caso y salió inmune. El propio Papa emérito de 1999, Josep Ratzinger, amigo del pedófilo y violador, recibió evidencias de los actos.
Félix Alarcón, una de las víctimas de sus abusos, lo denunció en 1998. «Se pasaban esta terrible patata caliente unos a otros, sin tomar ninguna medida», declaraba a ‘El País’. Explicó que El Vaticano recibió 240 documentos que evidenciaban que la situación era conocida mucho antes de que lo reconociera.